متابولیت های ثانویه گیاهی، ترکیباتی آلی هستند که مستقیما در رشد، نمو یا تولید مثل گیاه دخیل نیستند. این ترکیبات دارای ساختار شیمیایی پیچیده تری نسبت به متابولیت های اولیه(مثل اسیدهای امینه) که برای بقاء زندگی سلولها ضروری اند می باشند. آلکالوئید ها(مورفین، کدئین، آتروپین)، ترپنوئیدها، فلاوونوئیدها، رنگیزه هاو تانن هااز جمله مهم ترین این ترکیبات هستند